Ngày 17 tháng 12 năm 1586, ngay sau khi ông nội vừa thăng hà thì thân vương Katahito kế vị ông làm vua, lấy hiệu là Thiên hoàng Go-Yōzei. Ông dùng lại niên hiệu của ông nội, đặt làm niên hiệu Tenshō nguyên niên (1586–1592). Tuy đã lên ngôi, kinh phí hoàng gia cạn kiệt do hậu quả của chiến loạn Onin đến nỗi Thiên hoàng không còn tiền thừa để sử dụng vào việc đăng quang ngôi Thiên hoàng[7].

Cuối tháng 12/1586, Thiên hoàng Go-Yōzei phong Toyotomi Hideyoshi làm Thái chính đại thần.

Tháng 8/1588, Thiên hoàng và một số đại thần viếng thăm dinh thự của Toyotomi Hideyoshi ở Kyōto. Đây là lần đầu tiên mà một hoàng đế xuất hiện trước công chúng kể từ năm 1521[8].

Tháng 8/1590, quân đội của Hideyoshi tấn công pháo đài Odawara (khu Kantō) của Hōjō Ujimasa. Kết thúc trận chiến, Hideyoshi chiến thắng và Hōjō Ujimasa bị chết sau khi pháo đài thất thủ, em trai ông này là Hōjō Ujinao đầu hàng Hideyoshi; kết thúc cuộc chiến tranh kéo dài giữa các daimyo sau khi lọan Onin chấm dứt ít lâu (1477 - 1590)[9].

Tháng 5/1592, Toyotomi Hideyoshi phát động cuộc chiến tranh xâm lược Triều Tiên (1592 - 1598), lịch sử Nhật Bản gọi là Chiến tranh Nhật Bản-Triều Tiên (1592-1598). Cuộc chiến này huy động 300.000 quân Triều Tiên (có sự hỗ trợ của 3.000 quân Minh[10]) và 130.000 quân Nhật tham chiến.

Ngày 21 tháng 10 năm 1600, quân đội của daimyo Tokugawa Ieyasu đánh bại[11] Liên minh các daimyo phía Tây tại Trận Sekigahara lừng danh. Sau chiến thắng này, Tokugawa Ieyasu trở thành người thống trị không chính thức của Nhật Bản.

Năm 1602, tượng Phật lớn ở Kyoto bị lửa thiêu hủy.

Ngay 24 tháng 3 năm 1603, Thiên hoàng Go-Yōzei ra sắc phong Tokugawa Ieyasu làm Shōgun (Chinh di đại tướng quân)[12], mở đầu thời kỳ Mạc phủ Tokugawa.

Năm 1606, Thiên hoàng cho xây dựng lâu dài ở Edo[13].

Năm 1607, Thiên hoàng cho xây dựng tiếp lâu dài Suruga; cùng lúc đó sứ thần Trung Hoa sang tiếp kiến Thiên hoàng Nhật Bản[14].

Năm 1609, daimyo Shimazu Iehisa ở Satsuma đem quân xâm lược đảo Ryukyu[13].

Năm 1610, Thiên hoàng cho xây dựng lại tượng Phật đã bị thiêu hủy trong trận hỏa hoạn năm 1602.

Tháng 5/1610, Thiên hoàng Go-Yōzei thông báo ý định thoái vị và truyền ngôi cho con trai.

Ngày 09 tháng 5 năm 1611, Thiên hoàng Go-Yōzei tuyên bố thoái vị, nhường ngôi cho con trai thứ 3 là thân vương Kotohito. Thân vương sẽ lên ngôi, hiệu là Thiên hoàng Go-Mizunoo.